ในยุคที่โลกเต็มไปด้วยเทคโนโลยีล้ำสมัย กลับเกิดหายนะบางอย่างขึ้น บริษัท Smart Brain องค์กรยักษ์ใหญ่อันทรงอิทธิพล ได้ทำการทดลองผ่าตัดมนุษย์ ทำให้เกิดการกลายพันธุ์เป็น ออร์เฟน็อค สิ่งมีชีวิตรูปแบบใหม่ที่วิวัฒนาการจากมนุษย์เดิม มีความแข็งแกร่งกว่ามนุษย์ธรรมดา และมีลักษณะพิเศษของสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ การจะกำจัดออร์เฟน็อคได้ จำเป็นต้องพึ่งพลังของเข็มขัดไฟซ์ ซึ่งผู้ที่ครอบครองในช่วงแรกคือ โซโนดะ มาริ ลูกสาวของอดีตประธานบริษัท Smart Brain แต่ด้วยร่างกายของเธอไม่สามารถเข้ากับระบบไฟซ์ได้ จึงทำให้เธอไม่สามารถใช้เข็มขัดเส้นนี้ต่อสู้กับเหล่าออร์เฟน็อคได้ ทว่าเธอบังเอิญไปพบกับ ทาคุมิ ชายหนุ่มผู้มุ่งตามหาความฝัน ด้วยนิสัยอันแสนซื่อ ตรงไปตรงมา และความเป็นห่วงเพื่อนมนุษย์ของชายผู้นี้ มาริจึงตัดสินใจมอบเข็มขัดไฟซ์ให้ทาคุมิ เพื่อใช้มันกำราบเหล่าออร์เฟน็อค ทั้งสองจะต้องพบเจอกับปัญหา และอุปสรรคอีกมากมาย จนกว่าจะปกป้องโลกใบนี้ให้พ้นจากเงื้อมมือออร์เฟนอค
