Sheppard je spolu s dvoma botanickými pracovníkmi na pevnine planéty, kam sa pred rokom a pol presunula Atlantída. Zrazu ho niekto unesie a zviaže. Keď sa snaží uniknúť, zastaví ho niekto, koho naozaj nečakal a koho sám pred dvoma rokmi zastrelil - Acastus Kolya. Na Atlantíde sa medzitým Woolsey stretáva s novou členkou expedície - dr. Vanessou Conradovou, ktorá priletela na Apolle. Zároveň je Woolsey podrobený analýze IOA, či je stále spôsobilý viesť expedíciu na Atlantíde. McKaya spolu so Zelenkom však čaká ďalšie nečakané zistenie - na planéte sa nachádza aj prastará rasa, ktorá potrebuje prežiť...
