Zastępca komendanta, Kozo Fuyutsuki, zostaje porwany i przesłuchany przez radę SEELE, która jest oburzona faktem wchłonięcia przez Jednostkę 01 modułu S², przez co nie potrzebowała już zewnętrznego źródła zasilania. W tym samym czasie Ryoji podejmuje dalsze próby odkrycia sekretów NERV-u. Podczas gdy Fuyutsuki jest przesłuchiwany, przypomina sobie sceny z przeszłości; m.in. to jak poznał Gendo Ikariego oraz Yui Ikari, oraz wydarzenia związane z Drugim Uderzeniem.
