J.D., Elliot e Turk si lamentano continuamente in quanto non vengono mai affidati loro compiti importanti, ma all'improvviso il loro desiderio si realizza: si trovano per la prima volta da soli a gestire l'intero ospedale senza la supervisione di nessuno. I tre però scoprono ben presto quanto sia difficile prendere delle decisioni circa la salute dei pazienti. Fortunatamente c'è Carla ad aiutarli e a rasserenarli nelle loro insicurezze. Nel frattempo, il Dr. Cox pur di dimostrare a Jordan di essere cambiato (convincendola così a tornare insieme) accetta di fare un discorso d'elogio al Dr. Kelso nel corso di una premiazione ma manderà tutto a rotoli.
