ฟูโตะ เมืองแห่งหนึ่งในญี่ปุ่น ได้รับสมญานามว่าเป็นเมืองแห่งสายลม เนื่องด้วยกระแสลมที่พัดผ่านตลอดปี และกังหันลมที่มีให้เห็นรอบ ๆ ในเมือง ที่เมืองฟูโตะ เกิดคดีอาชญากรรมต่าง ๆ ขึ้นด้วยฝีมือของโดพันท์ สิ่งมีชีวิตประหลาดที่เกิดจาการสนองตัณหาของมนุษย์ ด้วยการใช้ไกอาเมมโมรี่ซึ่งเบื้องหลังของโดพันท์ คือครอบครัวตระกูลโซโนซาคิ กลุ่มผู้มีอิทธิพลมืดในเมืองฟูโตะ ผู้ที่จะสามารถต่อกรกับโดพันท์ และพร้อมที่จะกระชากหน้ากากตระกูลโซโนซาคิ มีเพียง ฮิดาริ โชทาโร่ นักสืบ Hardboiled ผู้เลื่องชื่อ และ ฟิลิป ชายหนุ่มปริศนาผู้มีมันสมองรอบรู้ ราวกับห้องสมุด โดยทั้ง 2 คือ มาสค์ไรเดอร์ดับเบิล นักรบผู้พิทักษ์ที่เกิดจากการรวมจิตวิญญาณของทั้ง 2 เข้าไว้ด้วยกัน ในนามของ มาสค์ไรเดอร์ดับเบิล สองคู่หูได้ทำหน้าที่สืบสวนคดี และคอยปกป้องความสงบสุขของเมืองฟูโตะจากภัยร้ายของ โดพันท์ โดยใช้ไกอาเมมโมรี่ เข้าต่อกรกับเหล่าโดพันท์ เพื่อทวงคืนสิ่งที่สูญเสียให้กลับมาดังเดิม
