В результате боя между Евой-01 и Евой-03 Тодзи получил серьёзные ранения (в частности, потерял ногу[8]). Синдзи покидает Nerv во второй раз, но через некоторое время появляется новый Ангел, который быстро расправляется с Аской и Рей. Синдзи неожиданно встречает Кадзи, который пытается уговорить его снова пилотировать Евангелион, чтобы защитить от смерти тех, о ком заботился Синдзи.
