Второй сезон мультсериала с легендарными черепашками в основном посвящен непримиримому противостоянию четверки героев с коварным Шредером и его армией приспешников. В этом сезоне происходит несчастный случай, из-за которого отец Эйприл превращается в пугающую летучую мышь. Эйприл в ужасе, она обвиняет во всем своих друзей-черепашек и разрывает отношения. В это время Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло должны взять себя в руки и спасти горожан от массового отравления, пока все они не превратились из-за мутагенов в различных тварей. Шредер стягивает в Нью-Йорк все больше сил, в числе которых его лучшая ученица Караи.
