Ano 2089 EC, passaram 80 anos desde a Primeira Guerra Mundial, que mudou a vida das raças humanas e Zentraedi. Ambas as raças estão em paz na Terra quando uma nova raça alienígena chamada "Marduk" aparece no Sistema Solar. Enquanto cobre a primeira batalha entre o Espaço da ONU e a frota de Marduk, o repórter novato do SNN, Hibiki Kanzaki, descobre Ishtar, um "Emulador" que melhora as capacidades de combate do Marduk através do canto. Hibiki leva Ishtar à Terra para lhe ensinar os valores da vida e da cultura. Juntamente com o piloto da Valkyrie, Silvie Gena, Hibiki e Ishtar têm de encontrar uma forma de salvar a Terra da destruição total às mãos do líder de Marduk, Ingues.
