Minęło dziesięć lat od wydarzeń z poprzedniej serii. Nanoha, Fate i Hayate jako zasłużone magiczki klasy S zakładają Sekcję Szóstą (jakby nie patrzeć StrikerS też daje w skrócie SS), która ma się zajmować kataklizmami, magicznym terroryzmem i niebezpiecznymi artefaktami zaginionej cywilizacji. Tylko czy pomiędzy kolejnymi sesjami treningowymi z nowymi rekrutami znajdą czas, żeby poradzić sobie z każdym z tych zagrożeń.
