Jest rok 2062. Dwadzieścia lat po fiasku, jakim okazał się projekt Elysion, który zrujnował Ziemię, pewna dziewczyna, Cesarzowa, budzi się ze snu w podziemnym laboratorium badawczym. Nie pamiętając nic ze swojej przeszłości, Cesarzowa spotyka Norito i Miyę, razem z którymi wyrusza na powierzchnię. Po drodze zostają jednak zaatakowani przez jednostki zmechanizowanej piechoty klasy Titan. Z opresji ratuje ich czarny trójkołowiec, który twierdzi, że zna Cesarzową.
