Hotaro Oreki is een eerstejaarsstudent op de middelbare school. Hij besluit lid te worden van de Classic Literature Club op aanraden van zijn oudere zus. Daar ontmoet Hotaro Oreki Eru Chitanda. Ze stuiten op een bloemlezing Hyouka die 33 jaar geleden werd gepubliceerd. Hotaro Oreki en Eru Chitanda beginnen de waarheid te onthullen met betrekking tot Hyouka"s bloemlezing, haar school en schoolfestival.