요시미에 이어 그녀의 절친 코쿠쇼까지 목숨을 잃을 뻔한 사건이 이어지며 코난과 란은 단서를 찾기 위해 코고로와 떨어져 타로의 공장으로 향한다. 그리고 그곳에서 야쿠 삼나무가 많은 숲으로 이어지는 비밀 통로를 발견한다. 통로를 따라가며 타로가 사실은 야쿠 삼나무를 은밀하게 빼돌려 팔고 있었던 사실을 알게 된 코난. 코난은 요시미를 살해한 범인은 아님을 확신하며 조몬 삼나무로 향하는데 그곳에서 야마히메 전설에서처럼 누군가의 피를 빼낸 듯한 흔적을 발견하는데...
