Keroro ha una carie che lo affligge. Quando gli altri membri del plotone lo scoprono, scatta l’allarme “Guerra alla carie” e Keroro è terrorizzato. Giroro e Tamama si fanno miniaturizzare da Kururu ed entrano nella bocca del sergente per combattere e sconfiggere i microbi alieni, ma sono costretti a battere in ritirata per minoranza. Nel secondo tentativo sono accompagnati da Fuyuki, Natsumi e da Keroro B, un robot che possiede la facoltà del vero Keroro. I microbi e la regina sembrano non arrendersi, al contrario di Fuyuki e gli altri che devono fuggire. Keroro B si fa esplodere nella bocca del vero Keroro, e in questo modo i nemici vengono sconfitti. Per fortuna, Keroro recupera in fretta una nuova e sana dentatura.
