Il Gran Premio Net-Battle sta per iniziare, quando un errore nell'aggiornamento di NumberMan fa perdere il controllo al signor Higsby, così Lan e i suoi amici devono trovare un modo per fermarlo. Improvvisamente un misterioso Net-Navi chiamato SkullMan aiuta MegaMan, Roll e gli altri a fermare l'impazzito NumberMan, ma nessuno sa a chi appartenga, né da dove provenga. Il torneo poi ha inizio con Dex e il suo GutsMan che riescono ad aggiudicarsi la vittoria nella prima partita. Purtroppo anche i sicari della Mondo Tre partecipano al Gran Premio con l'intenzione di eliminare tutti gli altri Net-Navi e prendere così il controllo della città.
