New Domino City è scossa da un terremoto mentre un nuovo geoglifo viene incendiato. Con sorpresa di Sayer, qualcuno si presenta nel suo ufficio: Carly, viva... e in veste di Dark Signer. Sfida Sayer a un Duello delle Ombre per vendicarsi, e Sayer è scioccato dalle abilità dei suoi nuovi mostri. Notando i geoglifi, Jack si dirige verso l'azione, essendo quasi inghiottito dalle fiamme nel processo. Nel frattempo, Akiza viene avvicinata da Misty, che la sfida a duello, anche lei in veste di oscura firmataria.
