A 2. évad ott folytatódik, ahol az első évad abbamaradt, és az emberek szedett-vedett flottájának kalandjait meséli el, akik egyedüli túlélői a cylonok pusztító nukleáris támadásának. Hamarosan kiderül azonban, hogy a külső erőknél több veszély fenyegeti ezt a törékeny társadalmat. A tömeges félelem, a paranoia és a politikai ambíciók - mind-mind a fejlődő civilizációk klasszikus csapásai kimerítik az amúgy is megfáradt flottát.
