Rewrite sigue la vida de Kotarou Tennouji, un estudiante de preparatoria con la habilidad de reescribir su propio cuerpo y que pasa su día a día junto a su amiga de la infancia Kotori Kanbe y su compañero de asiento Haruhiko Yoshino en una ciudad llamada Kazamatsuri, donde la tecnología y la naturaleza conviven armoniosamente. Kotarou conoce a otras cuatro chicas y junto a ellas forma el club oculto de investigación sobrenatural. Rumores sobre el avistamiento de misteriosos animales no identificados y sobre personas desaparecidas llegan a Kotarou. Él y sus compañeras investigarán estos misteriosos casos y tratarán de descubrir la verdad tras ello, pero debido a esto, Kotarou se verá involucrado en una silenciosa guerra entre dos organizaciones secretas por el futuro de la humanidad.
